Если это обычный главный путь, то вроде все решается шаблоном и заточкой торцов рельс.
Проверил на 3 модулях - стыкуются, хотя делал в первый раз.
Станционные рельсы, думаю, надо пилить вообще по-другому. Сначала стыковать модули ровно, выкладывать рельсы и паять к торцевым площадкам (с небольшой проставкой между модулями, на ширину пила), а потом разрезать. Станционные модули, если правильно понимаю, стыкуются только сами с собой, там где много путей.